Ma sicuramente la parte più ricercata è la collezione egizia ricca di più di mille pezzi, una delle principali dell'Italia settentrionale, capace di fornire un ampio panorama sull'antica civiltà dell'Egitto, con una forte valenza didattica.

Nelle sale possiamo ammirare sarcofagi in granito, calcare o i tre in legno, stuccati e dipinti; tutti e tre ospitanti mummie umane e databili a 3000 anni fa.

La collezione possiede inoltre stele e un pyramidion; fogli di papiro e vasi canopi in alabastro egiziano che conservarono i visceri di una defunta. 

E inoltre statuine raffiguranti le principali divinità; animali sacri e divinità zoo-antropomorfe; usciabti, o servitori del defunto, in pietra, legno e faïence, e amuleti.

Nel giardino dell'Orto Lapidario, all'interno di un tempietto c'è il monumento a Winckelmann (l'illustre storico e antiquario tedesco morto tragicamente, assassinato a Trieste nel 1768), opera neoclassica dello scultore Antonio Bosa. 

Nell'Orto Lapidario sono esposti materiali romani provenienti da Aquileia, dall'Istria e da Tergeste e nel Giardino davanti al museo, materiali medioevali e moderni recuperati dalle demolizioni della città.