Le collezioni sono organizzate in sezioni tematiche suddivise tra il terzo piano e il piano rialzato.
Si parte dalla città ottocentesca e dal suo porto, entrambi dettagliati in un grande diorama. Alcuni filmati introducono i grandi temi dell’economia del mare, del lavoro, dell’evoluzione delle imbarcazioni, dell’ingegneria e del design, dell’arte di andar per mare su un transatlantico piuttosto che su una barca a vela o un “topo” da pesca.
Il navigare prende diverse forme a seconda serva per commerciare, lavorare, esplorare il mondo, viaggiare per diletto o emigrare per necessità.

Fra i protagonisti di queste vicende si incontrano Josef Ressel, poliedrico inventore che a Trieste sperimenta l’applicazione dell’elica alle navi a vapore, e Guglielmo Marconi, che con la radiocomunicazione rivoluziona il modo di vivere il mare.

La storia di Trieste sul mare si intreccia con le famiglie di armatori, come i Cosulich, con le società di navigazione e le navi qui progettate sempre guardando all’innovazione nella costruzione degli scafi, nell’evoluzione dei motori, nel continuo miglioramento del comfort di bordo.