La chiesa fu edificata tra il 1627 e il 1682 dai Gesuiti, arrivati a Trieste nei primi anni del secolo.

I lavori furono ultimati molto tempo dopo. La facciata, infatti, fu ultimata solo agli inizi del Settecento su progetto, pare, del celebre architetto padre Andrea Pozzo. 

Nel 1849 a Trieste scoppiò un'epidemia di colera che in pochi mesi causò numerose vittime: in quel terribile frangente la città si raccomandò fiduciosa alla protezione della Madonna della Salute e il 21 novembre si recò in massa in processione alla chiesa dei Gesuiti, dove il vescovo celebrò un solenne pontificale.

Da quel momento i triestini, ogni anno, il giorno della festa della Presentazione di Maria al Tempio detta popolarmente della Madonna della Salute, accorrono numerosi al santuario per partecipare alle liturgie in suo onore.

La devozione alla Madonna è promossa soprattutto dalla Confraternita della Madonna della Salute, fondata nel 1827.

La pianta della chiesa è a croce latina; l'aula interna, costituita da tre navate, è coperta a botte, mentre all'incrocio del transetto si innalza la cupola che venne ricostruita nel 1817, dopo un incendio.